Verschil tussen RT PCR en QPCR | RT PCR vs QPCR

Belangrijkste verschil - RT PCR vs QPCR

Polymerase Chain Reaction is een techniek die gebruikt wordt om een ​​specifiek gebied van DNA in vitro te amplificeren. Door de uitvinding van deze techniek door Kary Mullis in 1983 kunnen wetenschappers duizend miljoenen kopieën van specifieke DNA-fragmenten maken voor onderzoeksdoeleinden. Momenteel is het een gangbare en routinematige techniek in klinische en onderzoekslaboratoria geworden voor een breed scala aan toepassingen. Er zijn variaties van traditionele PCR techniek, zoals RT PCR, geneste PCR, multiplex PCR, Q PCR, RT - QPCR, enz. RT PCR en Q PCR zijn twee belangrijke variaties van PCR. Het belangrijkste verschil tussen RT PCR en Q PCR is dat RT PCR wordt gebruikt om genuitdrukking te detecteren door middel van creatie van complementaire DNA (cDNA) transcripten van RNA terwijl Q PCR wordt gebruikt het kwantitatief meten van de PCR-producten real-time met behulp van fluorescerende kleurstoffen.

INHOUD

1. Overzicht en sleutelverschil

2. Wat is RT PCR

3. Wat is QPCR

4. Vergelijking naast elkaar - RT PCR vs QPCR

5. Samenvatting

Wat is RT PCR?

Reverse transcriptie polymerase kettingreactie (RT PCR) is een variant van PCR die wordt gebruikt om RNA expressie te detecteren. Het is een zeer belangrijke methode voor het detecteren van mRNA expressie in weefsels. RT PCR wordt gebruikt wanneer het uitgangsmateriaal van het monster RNA is. Bij RT PCR wordt het template mRNA eerst omgezet in complementair DNA. Deze stap wordt gekatalyseerd door het enzym reverse transcriptase en het proces staat bekend als reverse transcriptie. Ten tweede wordt traditionele PCR gebruikt voor het nieuw gesynthetiseerde cDNA voor de amplificatie.

RT PCR is een zeer gevoelige techniek die een relatief kleine hoeveelheid RNA-monster vereist. RT PCR wordt vaak gebruikt in de diagnose en kwantificering van RNA-soorten, met name RNA-virussen zoals humaan immunodeficiëntie virus en hepatitis C virus.

Figuur 01: RT PCR-techniek

Wat is QPCR?

Kwantitatieve PCR (QPCR) is een variant van PCR die gebruikt wordt om de PCR-producten kwantitatief te meten. Het wordt ook aangeduid als real-time polymerase kettingreactie aangezien het de realisatie van real-time meet met behulp van real-time PCR-machine. Het is een geschikte methode om de hoeveelheid van een doelsequentie of gen in een monster te bepalen. Het interessante kenmerk van QPCR is dat het zowel versterking als ware kwantificering combineert in een enkele stap. Daarom kan de behoefte aan gelelektroforese bij detectie worden geëlimineerd met behulp van QPCR-techniek. QPCR gebruikt fluorescerende kleurstoffen om PCR-producten te labelen tijdens de PCR-reacties die uiteindelijk tot directe kwantificering leiden.Wanneer de PCR-producten ophopen, worden de fluorescerende signalen ook geaccumuleerd en wordt deze gemeten door de real-time machine. QPCR kan gecombineerd worden met RT PCR. Het staat bekend als RT - QPCR of QRT - PCR en wordt beschouwd als een krachtigste, gevoelige en kwantitatieve methode voor het detecteren van RNA - niveaus in de cellen of weefsels.

SYBR Green en Taqman zijn twee methoden om het amplificatieproces van de real-time PCR te detecteren of te bekijken. SYBR Green methode wordt uitgevoerd met behulp van een fluorescerende kleurstof genaamd SYBR green en detecteert de amplificatie door de kleurstof te binden om dubbelstrengs DNA te produceren. Taqman wordt uitgevoerd met behulp van dubbele gelabelde probes en detecteert de amplificatie door de afbraak van de probe door Taq polymerase en releases van de fluorofoor zoals getoond in figuur 02. Beide methoden volgen de voortgang van het amplificatieproces en rapporteren de hoeveelheid van het product in real time.

Real-time PCR heeft een grote verscheidenheid aan toepassingen zoals genuitdrukkings kwantificering, microRNA en noncoding RNA analyse, SNP genotypering, detectie van varianten van kopieën, detectie van zeldzame mutaties, detectie van genetisch gemodificeerde organismen, detectie van besmettelijke stoffen, enz..

Figuur 02: Kwantitatieve PCR-techniek

Wat is het verschil tussen RT PCR en QPCR?

- diff Artikel Midden voor Tabel ->

RT PCR vs QPCR
RT PCR is een techniek die wordt gebruikt om genuitdrukking te detecteren door amplificatie.	QPCR is een techniek die DNA versterkt en de PCR-producten in real-time kwantificeert.
Betrokkenheid van Reverse Transcriptase Enzyme
Enzym reverse transcriptase wordt gebruikt voor RT PCR.	Enzym reverse transcriptase wordt niet gebruikt voor QPCR.
Gebruik van Fluorescently Labeled Molecules
Fluorescent gelabelde kleurstoffen of probes worden niet gebruikt voor RT PCR.	Fluorescent gelabelde kleurstoffen of probes worden gebruikt voor QPCR.
Kwantificering van PCR-product
Tenzij gecombineerd met QPCR, RTCP niet het PCR-product kwantificeert.	QPCR meet het PCR-product kwantitatief.
Beginmateriaal
Beginmateriaal is mRNA.	Uitgangsmateriaal is DNA.
Synthese van cDNA
Complementair DNA wordt geproduceerd tijdens de RT PCR.	Aanvullend DNA wordt niet geproduceerd tijdens QPCR.

Samenvatting - RT PCR vs QPCR

RT PCR en QPCR zijn twee versies van traditionele PCR. RT PCR techniek wordt uitgevoerd voor mRNA monsters en het wordt aangedreven door reverse transcriptie en productie van cDNA. QPCR wordt gebruikt om PCR-producten te kwantificeren tijdens de real-time PCR thermische cycli met behulp van fluorescerende kleurstoffen of gelabelde probes. In QPCR wordt de hoeveelheid PCR-product weergegeven door de uitgestraalde fluorescerende signalen door het monster. RT PCR wordt algemeen gebruikt als een amplificatieproces, terwijl QPCR algemeen wordt gebruikt als een kwantificeringsproces. Dit is het verschil tussen RT PCR en QPCR.

Referenties:

1. Deepak, SA, KR Kottapalli, R. Rakwal, G. Oros, KS Rangappa, H. Iwahashi, Y. Masuo en GK Agrawal. "Real-Time PCR: Revolutionerende Detectie en Expressie Analyse van Genen. "Huidige Genomics.Bentham Science Publishers Ltd, juni 2007. Web. 03 april 2017

2. Zeka, Fjoralba, Katrien Vanderheyden, Els De Smet, Claude A. Cuvelier, Pieter Mestdagh en Jo Vandesompele. "Straightforward en gevoelige RT-qPCR gebaseerde genexpressie analyse van FFPE monsters. "Nature News. Nature Publishing Group, 22 februari 2016. Web. 03 april 2017

3. Overbergh, L., A. Giulietti, D. Valckx, B. Decallonne, R. Bouillon en C. Mathieu. "Het gebruik van Real-Time Reverse Transcriptase PCR voor de kwantificering van Cytokine Gene Expression. "Journal of Biomolecular Techniques: JBT. De vereniging van biomoleculaire hulpbronnen, maart 2003. Web. 03 april 2017

Image Courtesy:

1. "Taqman" Door User: Braindamaged - Eigen werk van de oorspronkelijke uploader (Public Domain) via Commons Wikimedia

2. "Reverse transcription polymerase chain reaction" Door Jpark623 - Eigen werk (CC BY-SA 3. 0) via Commons Wikimedia