Verschil tussen zuidelijke, noordelijke en westelijke blotting | Southern vs Northern vs Western Blotting

Belangrijkste verschil - Northern vs Southern vs Western Blotting

Detectie van specifieke sequenties van DNA, RNA en eiwitten is essentieel voor diverse soorten studies in de moleculaire biologie. Gelelektroforese is een techniek die DNA, RNA en eiwitten scheidt volgens hun grootte. Uit de gelprofielen worden specifieke DNA-sequenties, RNA-sequenties of eiwitten gedetecteerd door de speciale technieken die blotting en hybridisatie met gemarkeerde probes worden genoemd. Er zijn drie verschillende soorten blotting methodes, namelijk zuidelijk, noordelijk en westelijk. Het belangrijkste verschil tussen noordelijke zuidelijke en westelijke blotting ligt bij het type van het molecuul dat het uit een monster detecteert. Southern blotting is een methode die een specifieke DNA-sequentie detecteert uit een DNA-monster. Northern blotting is een techniek die een specifieke RNA-sequentie detecteert uit een RNA-monster. Western blotting is een methode die een specifiek proteïne van een eiwitmonster detecteert.

INHOUD

1. Overzicht en sleutelverschil

2. Wat is Southern Blotting

3. Wat is Northern Blotting

4. Wat is Western Blotting

5. Side by Side Vergelijking - Northern vs Southern vs Western Blotting

6. Samenvatting

Wat is Southern Blotting?

Southern Blotting Technique werd ontwikkeld door E. M. Southern in 1975 voor de identificatie van een specifieke DNA sequentie uit een DNA-monster. Dit is de eerste blottingstechniek die in de moleculaire biologie wordt geïntroduceerd. Het zorgde voor de detectie van specifieke genen uit het DNA, specifieke fragmenten van DNA, enz. Er zijn verschillende stappen betrokken bij de zuidelijke blotting techniek. Zij zijn als volgt.

DNA wordt geïsoleerd uit het monster en verteerd met restrictie-endonucleasen.
Gesproefd monster wordt gescheiden door Agarose gelelektroforese.
DNA-fragmenten in de gel worden gedenatureerd in enkele strengen door middel van een alkalische oplossing.
Enkelstrengs DNA wordt overgebracht naar een nitrocellulose filtermembraan door capillaire overdracht.
Overgedragen DNA wordt permanent vastgezet op het membraan.
Vast DNA op het membraan wordt gehybridiseerd met gelabelde probes.
Onbonden DNA wordt door het wassen van het membraan afgewassen.
Röntgenfilm wordt blootgesteld aan het membraan en een autoradiograaf wordt bereid.

Southern blotting wordt toegepast voor verschillende aspecten van moleculaire biologie.Het is handig bij RFLP-mapping, forensische studies, DNA-methylering bij genuitdrukking, detectie van gemuteerde genen bij genetische aandoeningen, DNA-vingerafdrukken, enz.

Figuur 01: Southern Blotting Technique

Wat is Northern Blotting?

Northern blotting is een methode die is ontworpen om een specifieke RNA sequentie of mRNA sequentie van een monster te detecteren om genuitdrukking te bestuderen. Deze techniek is ontwikkeld door Alwine, Kemp en Stark in 1979. Het verschilt van de zuurstof- en westblottingtechnieken door verschillende stappen. Deze techniek wordt echter ook uitgevoerd via gelelektroforese, blotting en hybridisatie met specifieke gelabelde probes en detectie. Northern Blotting Technique wordt als volgt uitgevoerd.

RNA wordt geëxtraheerd uit het monster en gescheiden door gelelektroforese.
RNA wordt overgebracht van de gel op een blottende membraan en gefixeerd.
Het membraan wordt behandeld met een gelabelde probe bereid uit cDNA of RNA (de sonde is complementair aan een specifieke sequentie in het monster).
De sonde wordt geïncubeerd met het membraan om te binden met een specifieke sequentie.
Onbonden probes worden afgewassen.
Gehybridiseerde fragmenten worden gedetecteerd door een autoradiograaf.

Northern blotting is een belangrijk instrument bij het detecteren en kwantificeren van gehybridiseerd mRNA, het bestuderen van RNA-afbraak, de evaluatie van RNA-halveringstijd, detectie van RNA-splitsing, het bestuderen van genuitdrukking, enz.

Figuur 02: Northern Blotting

Wat is Western Blotting?

Western blotting is een methode voor het detecteren van een specifiek proteïne uit een eiwitmengsel door het gebruik van gelabeld antilichaam. Daarom is western blot ook bekend als een immunoblot . Deze techniek werd in 1979 door Towbin et al geïntroduceerd en wordt nu routinematig uitgevoerd in de laboratoria voor eiwitanalyse. Stappen zijn als volgt.

Proteïnen worden geëxtraheerd uit het monster
Proteïnen worden gescheiden door hun maten met behulp van polyacrylamidegelelektroforese
Gescheiden moleculen worden overgebracht in een PVDF membraan of nitrocellulosemembraan door elektroporatie
Het membraan is geblokkeerd voor nonspecifieke binding met de antilichamen
Overgebrachte eiwitten zijn gebonden aan primair antilichaam (enzym gemerkt antilichamen).
Het membraan wordt gewassen om nonspecifieke gebonden primaire antilichamen te verwijderen.
Gebonden antilichamen worden gedetecteerd door een substraat toe te voegen en het gekleurde neerslag wordt gevormd.

Western blotting is bruikbaar bij de detectie van anti-HIV antilichamen in een humaan serummonster. Western blot kan ook gebruikt worden als een bevestigende test voor infectie Hepatitis B en definitieve test voor gekke koeienziekte.

Figuur 03: Western Blotting

Wat is het verschil tussen Northern Southern and Western Blotting?

- diff Artikel Midden vóór Tabel ->

Northern vs Southern vs Western Blotting
Soort Molecule gedetecteerd
Northern Blotting	Northern Blotting detecteert een specifieke RNA-sequentie uit een RNA-monster.
Southern Blotting	Southern blotting detecteert een specifieke DNA-sequentie uit een DNA-monster.
Western Blotting	Western blotting detecteert een specifiek proteïne uit een eiwitmonster.
Soort gel
Northern Blotting	Dit maakt gebruik van agarose / formaldehyde gel.
Southern Blotting	Dit maakt gebruik van een Agarose gel.
Western Blotting	Dit maakt gebruik van Polyacrylamide gel.
Blotting Method
Northern Blotting	Dit is een capillaire overdracht.
Southern Blotting	Dit is een capillaire overdracht.
Western Blotting	Dit is een elektrische overdracht.
Probes gebruikt
Northern Blotting	cDNA of RNA probes die radioactief of niet-radioactief gemerkt zijn.
Southern Blotting	DNA-probes worden radioactief of niet-radioactief gelabeld.
Western Blotting	Primaire antilichamen worden gebruikt als probes.
Detection System
Northern Blotting	Dit wordt gedaan met behulp van een autoradiograaf, of detectie van licht of kleurverandering.
Southern Blotting	Dit wordt gedaan met behulp van een autoradiograaf, detectie van licht of kleurverandering.
Western Blotting	Dit wordt gedaan met behulp van de detectie van licht- of kleurverandering.

Samenvatting - Northern vs Southern vs Western Blotting

Blotting is een speciale techniek die is ontwikkeld voor de identificatie van specifiek DNA, RNA of eiwit uit de monsters. Er zijn drie afzonderlijke blotting procedures, namelijk noordelijk, zuidelijk en westelijk, om een specifiek type molecuul te detecteren. Northern Blotting Technique is ontworpen om een specifieke RNA sequentie te detecteren uit een mengsel van RNA. Southern Blotting-techniek maakt het mogelijk om een specifieke DNA-sequentie van een DNA-monster te detecteren en western blotting-techniek is ontwikkeld om een specifiek eiwit uit een eiwitmengsel te identificeren.

Referenties

1. Gibbons, Janay. "Western Blot: Overzicht van eiwitten. "Noord-Amerikaans Journal of Medical Sciences. Medknow Publications & Media Pvt Ltd, maart 2014. Web. 27 maart 2017

2. Bruin, T. "Southern blotting. "Huidige protocollen in immunologie. U. S. National Library of Medicine, mei 2001. Web. 27 maart 2017

3. Hij, Shan L. "Northern blot. "Methoden in enzymologie. U. S. National Library of Medicine, 2013. Web. 27 maart 2017

Image Courtesy:

1. "Northern Blot Scheme" Door RNA405 - Eigen werk (Openbaar domein) via Commons Wikimedia

2. "Western blot 114A" Door Amanthabagdon - Eigen werk (Openbaar domein) via Commons Wikimedia