Verschil tussen Maxam Gilbert en Sanger Sequencing | Maxam Gilbert vs Sanger Sequencing

Key Difference - Maxam Gilbert vs Sanger sequencing

Nucleotiden zijn de fundamentele structurele eenheden en de bouwstenen van DNA. DNA-molecuul bestaat uit een polynucleotide keten. Er zijn vier verschillende nucleotiden gevonden in DNA. Deze nucleotiden zijn samengesteld uit vier verschillende stikstofhoudende basen genaamd A (adenine), G (guanine), C (cytosine), T (thymine). De volgorde van de nucleotiden in het DNA-molecuul is van groot belang, aangezien het een belangrijke genetische informatie voor de groei en ontwikkeling van organismen codeert. DNA-sequentie verwijst naar het proces dat de precieze nucleotidesequentie van het DNA bepaalt. Er zijn verschillende DNA sequencing methoden. Maxam Gilbert sequencing en Sanger DNA sequencing zijn twee methoden van DNA sequencing die behoren tot de eerste generatie sequencing. Maxam Gilbert sequencing procedure bepaalt de basissequentie door de 5'-eind gemerkte DNA-fragmenten bij voorkeur bij elk van vier nucleotiden en gelelektroforese te splitsen. Sanger sequencing procedure bepaalt de nucleotide sequentie door het synthetiseren van enkelstrengs DNA met behulp van DNA polymerase en dideoxynucleotiden en gelelektroforese. Dit is het belangrijkste verschil tussen Maxam Gilbert en Sanger Sequencing.

INHOUD

1. Overzicht en sleutelverschil

2. Wat is Maxam Gilbert

3. Wat is Sanger Sequencing

4. Side by Side Vergelijking - Maxam Gilbert vs Sanger Sequencing

5. Samenvatting

Wat is Maxam Gilbert Sequencing?

Maxam Gilbert sequencing, ook bekend als chemische sequencing methode , is een techniek die is ontwikkeld om de volgorde van de nucleotiden in DNA te bepalen. Deze methode werd geïntroduceerd door Walter Gilbert en Alan Maxam in 1976 en werd populair omdat het direct met gezuiverd DNA kan worden uitgevoerd. Maxam Gilbert methode behoort tot de eerste generatie DNA sequencing, en het was de eerste sequencing methode die veel gebruikt wordt door wetenschappers.

Het basisprincipe van deze werkwijze ligt bij de beperking van de eindstandig gemerkte DNA-fragmenten op specifieke basen door basespecifieke chemische voorwaarden en scheiding van de gelabelde fragmenten door elektroforese zoals getoond in figuur 01. Fragmenten worden gescheiden volgens hun maten op de gel. Aangezien de fragmenten gemerkt zijn, kan de sequentie van het DNA-molecuul gemakkelijk afgeleid worden.

Maxam gilbert methode maakt gebruik van basisspecifieke chemicaliën om DNA op specifieke basen te breken. Twee gemeenschappelijke chemicaliën genaamd dimethylsulfaat- en hydrazinechemicaliën worden gebruikt om respectievelijk selectief purines en pyrimidines aan te vullen.

Maxam Gilbert sequencing methode wordt als volgt uitgevoerd via meerdere stappen.

Reiniging van de DNA-sequentie met behulp van restrictie-endonucleasen
Etikettering van de uiteinden van de DNA-fragmenten door toevoeging van radioactieve fosfaten
Zuivering van de gelabelde fragmenten uit niet-gelabelde fragmenten door gelelektroforese
Scheiding van de eind- gemerkt DNA in vier buizen en afzonderlijk behandelen met basisspecifieke chemicaliën
Elektroforese van de inhoud van elke buis op afzonderlijke lijnen op een gel en fragmentafscheiding volgens hun lengte.
Detectie van de fragmenten door autoradiograaf.

Figuur 01: Maxam Gilbert Sequencing

Wat is Sanger Sequencing?

Sanger Sequencing is een sequencing methode ontwikkeld door Frederick Sanger en zijn collega's in 1977 om de basissequentie van een bepaald DNA fragment te bepalen. Het staat ook bekend als chain termination sequencing of Dideoxy sequencing methode. Deze methode werkt op het principe van selectieve incorporatie van ketenterminerende dideoxynucleotiden (ddNTPs) zoals ddGTP, ddCTP, ddATP en ddTTP door DNA-polymerase tijdens de synthese van enkelstrengs DNA om strandvorming te beëindigen. Dideoxynucleotiden ontbreken 3 'OH groepen voor de vorming van fosfodiesterbindingen met aangrenzend nucleotide. Vandaar dat de strengvorming stopt zodra ddNTP is opgenomen in de nieuwvormende streng tijdens sangervolgorde.

In deze methode worden vier afzonderlijke DNA synthese reacties (PCR) uitgevoerd in vier afzonderlijke buizen met één type ddNTP. Er worden ook andere eisen gesteld voor de buizen voor PCR, waaronder primers, dNTPs, Taq polymerase, specifieke omstandigheden, enz. Vier afzonderlijke reacties worden uitgevoerd in vier buizen met vier mengsels. Na PCR-reacties worden de resulterende DNA-fragmenten warmte gedenatureerd en gescheiden door gelelektroforese. Vervolgens worden de fragmenten zichtbaar gemaakt door gebruik te maken van een gelabelde (radioactieve of fluorescerende) primer of dNTPs, zoals getoond in figuur 02.

Figuur 02: Sanger Sequencing

Wat is het verschil tussen Maxam Gilbert en Sanger Sequencing?

- diff Artikel Midden voor tafel ->

Maxam Gilbert vs Sanger Sequencing
Maxam Gilbert sequencing is de eerste techniek ontwikkeld voor DNA sequencing.	Sanger sequencing methode werd geïntroduceerd na de Maxam Gilbert sequencing methode.
Gebruik
Deze methode wordt zelden gebruikt.	Sanger sequencing wordt routinematig gebruikt voor sequencing.
Gebruik van gevaarlijke chemicaliën
Het gebruikt gevaarlijke chemicaliën.	Het gebruik van gevaarlijke chemicaliën is beperkt in vergelijking met de methode van Maxam Gilbert.
Etikettering voor detectie
Deze methode maakt gebruik van radioactieve P ³² voor het labelen van de uiteinden van de DNA-fragmenten.	Sanger sequencing gebruikt radioactief of fluorescent gelabeld ddNTPs.

Samenvatting - Maxam Gilbert vs Sanger Sequencing

Maxam Gilbert en Sanger sequencing zijn twee soorten DNA sequencing technieken die onder de eerste generatie DNA sequencing komen.Maxam Gilbert sequencing is de eerste methode die is geïntroduceerd voor DNA sequencing in 1976, en wordt uitgevoerd door het breken van de eind gemerkte DNA fragmenten door basisspecifieke chemicaliën. Vandaar is het bekend als chemische sequencing. Sanger sequencing methode werd geïntroduceerd in 1977, en is gebaseerd op de ddNTP gestuurde ketentermineringsreacties. Sanger sequencing methode populair dan Maxam Gilbert methode als gevolg van verschillende nadelen van Maxam Gilbert methode zoals overmatig tijd verbruik, gebruik van gevaarlijke chemicaliën, enz. Dit is het verschil tussen Maxam Gilbert en Sanger sequencing.

Referenties:

1. Maxam, A. M, en Walter Gilbert. "Een nieuwe methode voor het sequentiëren van DNA. "Verrichten van de Nationale Academie van Wetenschappen. National Acad Sciences, 9 december 1976. Web. 30 maart 2017

2. Heather, James M., en Benjamin Chain. "De sequentie van sequencers: De geschiedenis van sequencing DNA. "Genomics. Academische Pers, Jan. 2016. Web. 30 maart 2017

3. Pareek, Chandra Shekhar, Rafal Smoczynski en Andrzej Tretyn. "Sequencing technologieën en genoom sequencing. "Journal of Applied Genetics. Springer-Verlag, november 2011. Web. 30 maart 2017

Image Courtesy:

1. "Maxam gilbert sequencing" Door meerdere keren in Engels Wikipedia (CC BY 3. 0) via Commons Wikimedia

2. "Sanger-sequencing" Door Estevezj - Eigen werk (CC BY-SA 3. 0) via Commons Wikimedia