Verschil tussen cDNA en genomische bibliotheek | cDNA vs genomische DNA-bibliotheek

Belangrijkste verschil - cDNA vs genomische bibliotheek

Er zijn twee hoofdsoorten van DNA-bibliotheken geconstrueerd door wetenschappers die genetische technieken gebruiken. Dat zijn cDNA-bibliotheek en genomische bibliotheek. Het sleutelverschil tussen cDNA en genomische bibliotheek is dat cDNA-bibliotheek het gekloneerde complementaire DNA van het totale mRNA van een organisme bevat, terwijl de genomische DNA-bibliotheek de gekloonde fragmenten van het gehele genoom van een organisme bevat. De genomische DNA-bibliotheek is groter dan de cDNA-bibliotheek.

INHOUD

1. Overzicht en sleutelverschil

2. Wat is cDNA Bibliotheek

3. Wat is de genomische bibliotheek

4. Zij aan elkaar vergelijken - cDNA vs genomische bibliotheek

5. Samenvatting

Wat is een Genomische Bibliotheek?

Een genomische DNA-bibliotheek is een verzameling klonen die de fragmenten van het totale genomische DNA van een organisme dragen. Het bevat het gehele genomische DNA van dat organisme, inclusief coderende en niet-coderende sequenties. De constructie van een genomische bibliotheek wordt uitgevoerd door de recombinante DNA technologie gevolgd door klonen (genetische techniek). Er zijn verschillende stappen betrokken bij de constructie zoals getoond in figuur 01. Het proces begint met de genomische DNA-isolatie. Met behulp van een geschikt DNA extractie protocol moet het totale genomische DNA van een organisme worden geïsoleerd. Dan moet het DNA worden omgezet in beheersbare maten of in de specifieke fragmenten door restrictie-endonucleasen (DNA-snij enzymen). Gefragmenteerd DNA moet in vectoren worden ingebracht met DNA-ligasen (DNA-verbindende enzymen). Een vector is een zelf-replicerende organisme. Plasmiden en bacteriofagen zijn veelgebruikte vectoren in de recombinante DNA-technologie. Deze geligeerde vectoren staan ​​bekend als recombinante DNA-moleculen, aangezien zij zowel eigen als ingevoegde DNA-sequenties dragen. Recombinantvectoren worden toegevoegd aan een gastheerbacterie en gemaakt om de recombinante vectoren binnen de bacteriële cel op te nemen. Bacteriën met recombinante vectoren (plasmiden) moeten in een kweekmedium worden gekweekt. Tijdens de bacteriële vermenigvuldiging repliceert bacterieel DNA, samen met recombinante plasmiden, hun genen en produceert klonen. Deze klonen bevatten het gehele genoom van het bronorganisme. Vandaar, het heet een genomische bibliotheek. Plasmiden kunnen gemakkelijk gescheiden worden van het bacteriële chromosomale DNA om de genomische bibliotheek van dat organisme te bouwen. Als een bepaald organisme geïnteresseerde genen bevat, is het gemakkelijk om het in de genomische bibliotheek te detecteren door hybridisatie met behulp van moleculaire probes (markers).

Genomische bibliotheken zijn belangrijk om de genomische structuur en functie, specifieke genen, genlocatie, genmapping, mutaties, gensequentiebepaling, identificatie van nieuwe therapeutische genen, enz. Te bestuderen.

Figuur 1: Bouw van een genomische bibliotheek

Wat is een cDNA-bibliotheek?

Een cDNA-bibliotheek is een verzameling complementaire DNA (cDNA) klonen gesynthetiseerd uit totaal mRNA van een organisme. De bouwprocedure omvat verschillende stappen. Zuivering van het totale mRNA van een organisme is de eerste stap die betrokken is. Geïsoleerde mRNA worden omgezet in cDNA-strengen door een proces genaamd reverse transcriptie. Reverse transcriptie wordt gefaciliteerd door een enzym genaamd reverse transcriptase. Het gebruikt een kleine 3'-primer en initieert de synthese van de eerste cDNA-streng complementair aan de mRNA-streng van het malplaatje. Resulterend dubbelstrengs cDNA worden omgezet in kleinere fragmenten onder toepassing van restrictie-endonucleasen en in geschikte vectoren ingevoegd. Deze geconstrueerde recombinante moleculen worden vervolgens in een gastheerorganisme toegevoegd en in een kweekmedium gegroeid om klonen te produceren. De verzameling van klonen die cDNA-fragmenten van een organisme bevat, staat bekend als een cDNA-bibliotheek. Volledig gesneden volwassen mRNA bevat geen introns en regulerende gebieden. Daarom zijn niet-coderende fragmenten niet aanwezig in cDNA-bibliotheken in tegenstelling tot in een genomische bibliotheek.

cDNA-bibliotheken zijn belangrijk voor de analyse van coderende gebieden, genfuncties, expressie van genen, enz.

Figuur_2: Constructie van een cDNA-bibliotheek

Wat is het verschil tussen cDNA en Genomische Bibliotheek?

cDNA-bibliotheek

cDNA-bibliotheek is een verzameling van de klonen die het complementaire DNA dragen aan het mRNA van een organisme.
Genomische bibliotheek is een verzameling van de klonen die het totale genomische DNA van een organisme.	Codering vs Noncoding Sequences
cDNA bibliotheek bevat alleen de coderende sequenties; het bevat geen introns.
Genomische bibliotheek bestaat uit het gehele genomische DNA inclusief niet-codering (introns en regulerende) DNA.	Maat
cDNA-bibliotheek is klein.
Genomische bibliotheek is groot.	Beginmateriaal
Beginmateriaal is mRNA
Het uitgangsmateriaal is DNA.	Betrokkenheid van omgekeerde transcriptie.
Reverse transcriptie gebeurt in de eerste cDNA streng synthese.
Reverse transcriptie gebeurt niet.	Samenvatting - cDNA en Genomische Bibliotheek

De genomische bibliotheek vertegenwoordigt een populatie van klonen die het gefragmenteerde totale genomische DNA van een organisme dragen. cDNA-bibliotheek vertegenwoordigt de populatie van klonen die complementair DNA dragen van het totale mRNA van een organisme. Een cDNA kloon bevat alleen de sequenties die in mRNA zijn gevonden, terwijl de genomische kloon de sequenties van het gehele genoom bevat. Dit is het verschil tussen cDNA en genomische bibliotheek.

Referentie:

1. Haneef, Deena T KochunniJazir. "Verschil tussen Genomische en cDNA Bibliotheek. "Verschil tussen Genomische en cDNA Bibliotheek. N. p., n. d. Web. 15 feb.2017

2. Stekel, Dov J., Yoav Git, en Francesco Falciani. "De vergelijking van genuitdrukking uit meerdere cDNA-bibliotheken. Genoom Onderzoek. Cold Spring Harbor Laboratory Press, december 2000. Web. 16 februari 2017

3. "Genomische Bibliotheekschermen voor Genen betrokken bij n-Butanol Tolerantie in Escherichia coli. "Genomische Bibliotheekschermen voor Genen betrokken bij n-Butanol Tolerantie in Escherichia coli. N. p., n. d. Web. 16 februari 2017

Image Courtesy:

1. "Formatie van een cDNA Bibliotheek" Door PhD Dre in de Engelse taal Wikipedia (CC BY-SA 3. 0) via Commons Wikimedia

2. "Genomic Library Construction" Door Aluquette - Eigen werk (CC BY-SA 3. 0) via Commons Wikimedia