Verschil tussen Blast en Fasta

Blast vs Fasta

Blast en Fasta zijn twee software die worden gebruikt om biologische sequenties van DNA, amino zuren, eiwitten en nucleotiden van verschillende soorten en zoek naar de overeenkomsten. Deze algoritmen werden geschreven om de snelheid in gedachten te houden, omdat de databank van de sequenties zwiep toen eenmaal DNA door de wetenschappers in het midden van de jaren 80 was geïsoleerde, er een behoefte aan werd gecreëerd om identieke genen te vergelijken en te vinden voor verder onderzoek met hoge snelheid. Blast is een acroniem voor Basic Local Alignment Search Tool en gebruikt gelokaliseerde aanpak bij het vergelijken van de twee sequenties. Fasta is een software genaamd Fast A waar A staat voor All, omdat het werkt met het alfabet zoals Fast A voor DNA sequencing en Fast P voor eiwit. Zowel Blast als Fasta zijn erg snel bij het vergelijken van een genoom database en zijn daarom zowel monetair als tijdbesparend.

Blast

Een van de meest gebruikte bioinformatica software Blast is ontwikkeld in 1990 en sindsdien is iedereen beschikbaar op NCBI site. Deze software is toegankelijk voor iedereen en kan worden aangepast aan de behoeften van de gebruiker. Blast is de software waarin de ingevoerde gegevens van een te vergelijken reeks in Fasta-indeling zijn en de uitvoergegevens kunnen worden verkregen in gewone tekst, HTML of XML. Blast werkt op het principe van het zoeken naar gelokaliseerde overeenkomsten tussen de twee sequenties en na korte notering van de vergelijkbare sequenties die het zoeken naar buurt-overeenkomsten. De software zoekt naar een groot aantal soortgelijke lokale regio's en geeft het resultaat nadat een drempelwaarde is bereikt. Dit proces verschilt van eerdere software waarin de volledige sequentie werd gezocht en vergeleken, die veel tijd kostte. Blast wordt gebruikt voor vele doeleinden, zoals DNA mapping, vergelijking van twee identieke genen in verschillende soorten, het creëren van fylogenetische boom.

Fasta

Fasta programma werd in 1985 geschreven om alleen eiwitsequenties te vergelijken, maar werd later aangepast om ook DNA op te zoeken. Fasta software maakt gebruik van het principe om de gelijkenis tussen de twee sequenties statistisch te vinden. Deze software komt overeen met een sequentie van DNA of eiwit met de andere door middel van lokale sequentie-uitlijnmethode. Het zoekt naar lokale regio voor gelijkenis en niet de beste match tussen twee sequenties. Aangezien deze software soms gelokaliseerde overeenkomsten vergelijkt, kan er een mismatch ontstaan. In een reeks neemt Fasta een klein deel bekend als k-tuples waar de tuple van 1 tot 6 kan zijn en overeenkomt met k-tuples van andere volgorde en zodra een drempelwaarde van matching is bereikt, komt het resultaat op. Het is een programma dat gebruikt wordt om prospects van bijpassende volgorde van een groot aantal te verkorten voor volledige vergelijking, aangezien het zeer snel is.

In het kort: Blast vs Fasta • Blast is veel sneller dan Fasta. • Blast is veel nauwkeuriger dan Fasta. • Voor nauw gecorrigeerde sequenties Blast is zeer accuraat en voor ongelijke volgorde Fasta is betere software. • Blast kan volgens de behoefte aangepast worden, maar Fasta kan niet worden aangepast. • Blast moet Fasta invoerformaat gebruiken om de uitgangsgegevens te krijgen. • Blast is veel meer veelzijdig en veel gebruikt dan Fasta.