Verschil tussen SYBR Green en Taqman | SYBR Green vs Taqman

Belangrijkste Verschil - SYBR Green vs Taqman

SYBR Green en Taqman zijn twee methoden die worden gebruikt om het amplificatieproces van real-time PCR te detecteren of te bekijken. SYBR Green is een methode gebaseerd op het intercaleren van nucleïnezuurkleuringskleurstof, terwijl Taqman een methode is op basis van hydrolysesonde. Beide technologieën zijn ontworpen om fluorescentie te genereren tijdens de PCR, waardoor realtime PCR-machine de reactie in "real time" kan controleren. SYBR Green methode wordt uitgevoerd met behulp van een fluorescerende kleurstof genaamd SYBR green en detecteert de amplificatie door de kleurstof te binden aan geproduceerd dubbelstrengs DNA. Taqman wordt uitgevoerd met behulp van dubbele gelabelde probes en detecteert de amplificatie door afbraak van de probe door Taq polymerase en releases van de fluorofoor. Dit is het belangrijkste verschil tussen SYBR Green en Taqman.

INHOUD

1. Overzicht en sleutelverschil

2. Wat is SYBR Green

3. Wat is Taqman

4. Vergelijking naast elkaar - SYBR Green vs Taqman

5. Samenvatting

Wat is SYBR Green?

SYBR Green is een fluorescerende kleurstof die wordt gebruikt om nucleïnezuren te vlek, met name dubbelstrengs DNA in Moleculaire Biologie. SYBR Green methode wordt gebruikt om PCR-producten te kwantificeren tijdens de real-time PCR. Eenmaal bindt het met DNA, het resulterende DNA-kleurstofcomplex absorbeert blauw licht en geeft intens groen licht uit. Het gebeurt door de structurele verandering die in het kleurstofmolecuul voorkomt bij binding met dubbelstrengs DNA. Wanneer PCR meer en meer DNA creëert, binden meer kleurstofmoleculen met DNA, waardoor meer fluorescentie wordt verkregen. Daarom stijgt de fluorescentie bij het accumuleren van PCR-producten. Derhalve kan de hoeveelheid PCR-product kwantitatief worden gemeten door de SYBR Green-fluorescentiedetectie.

SYBR groene kleurstof kan ook gebruikt worden voor DNA-labeling in cytometrie en fluorescerende microscopie. Ethidiumbromide is succesvol vervangen door SYBR Green, aangezien Ethidiumbromide een kankerverwekkende kleurstof is met verwijderingsproblemen tijdens DNA-visualisatie in de gelelektroforese.

Er zijn voordelen en nadelen van SYBR-groene methode. Deze methode is zeer gevoelig, goedkoop en makkelijk te gebruiken. Echter, door zijn vermogen om te binden aan elk dubbelstrengs DNA, kan nonspecifieke binding leiden tot over kwantificering van PCR-product.

Figuur 01: SYBR Green Technique

Wat is Taqman?

Taqman is een alternatieve methode voor SYBR Green om real-time PCR proces te controleren. Deze methode hangt af van de 5 '- 3' exonuclease activiteit van Taq polymerase enzym om de probes te degraderen tijdens de uitbreiding van de nieuwe streng en vrijkomen van fluorofoor.Dual-labeled probes worden gebruikt in deze methode en het is gebaseerd op de hydrolyse van probes. Probes zijn fluorescent gelabeld DNA-oligonucleotiden met een fluorescerende reportermolecuul (fluorofoor) bij het 5'-uiteinde en een quenchermolecuul bij het 3'-uiteinde. Ze zijn ontworpen om te binden aan het enkelstrengige sjabloon aan de andere kant van de primer-anneals. Taq polymerase voegt nucleotiden toe aan de primer en breidt de nieuwe streng uit naar de dubbel gemerkte probes. Zodra de Taq-polymerase aan de sonde voldoet, activeert en verlaagt de exonuclease-werking van het Taq-polymerase de probe. Zodra het de synthese van de nieuwe streng voltooid is, wordt de sonde onderworpen aan afbraak en de fluorofoor loslaten. De afgifte van fluorofore genereert fluorescentie. Fluorescent Quencher-molecule blokkeert het uitgestraalde licht efficiënt en creëert de output voor kwantificering van het PCR-product. De afgifte van fluoroforen en hoeveelheid van de PCR-producten zijn evenredig. Daarom kan kwantificering gemakkelijk worden gedaan met de Taqman methode.

Figuur 02: Taqman Methode

Taqman methode wordt gebruikt in real-time PCR, kwantificering van genuitdrukking, detectie van genetische polymorfismen, kwantificering van chromosomale DNA deleties, bacteriële identificatie, verificatie van microarray analyse, SNP genotypering, enz. Wat is het verschil tussen SYBR green en Taqman?

- diff Artikel Midden voor tafel ->

SYBR Green vs Taqman

SYBR Green is gebaseerd op DNA bindende kleurstof.
Taqman is afhankelijk van hybridisatie probes en 5 'tot 3' exonuclease activiteit van Taq polymerase.	Fluorescente Gemarkeerde Probes
Geen fluorescens gemerkte probes zijn niet nodig.
Dual-labeled probes zijn verplicht.	Multiplex Gene Analyse
Het kan niet worden gebruikt voor multiplex gen targets.
Het kan gebruikt worden voor multiplex gen targets.	Kosten
Dit is minder duur.
Dit is duurder.	Specificiteit
Dit is minder specifiek en bindt met elk dubbelstrengs DNA
Dit zijn zeer specifiek, aangezien probes de specifieke amplificatieproducten detecteren.	Effectiviteit
Dit is minder effectief.
Dit is zeer effectief.	Toepassing
Dit wordt gebruikt in real-time PCR, agarosegelvisualisatie, DNA-etikettering, enz.
Dit wordt gebruikt in real-time PCR, kwantificering van genuitdrukking, detectie van genetische polymorfismen, enz.	Samenvatting - SYBR Green and Taqman

Taqman en SYBR green zijn twee methoden die worden gebruikt in real-time PCR (kwantitatieve PCR). Beide methoden maken de kwantificering van het PCR-product efficiënt mogelijk en zijn afhankelijk van de emissie van de fluorescentie. Taqman methode maakt gebruik van dubbele gelabelde probes voor het detecteren van het geaccumuleerde DNA terwijl de SYBR Green methode een fluorescerende kleurstof gebruikt. Beide deze methoden hebben ook verschillende toepassingen in moleculaire biologie.

Referentie:

1. Tajadini, Mohamad Hasan, Mojtaba Panjehpour en Shaghayegh Haghjooy Javanmard. "Vergelijking van SYBR Green en TaqMan methoden in kwantitatieve real-time polymerase kettingreactie analyse van vier adenosine receptor subtypes."Advanced Biomedical Research. Medknow Publications & Media Pvt Ltd, 2014. Web. 13 maart 2017.

2. "Real-time PCR basisprincipes. "Real Time PCR, Quantitative (qPCR), Primers & Mastermix: Primerdesign Ltd. N. p., n. d. Web. 13 maart 2017.

3. "SYBR Green and Other Real-Time PCR Dyes. "Biocompare. N. p., 05 april 2010. Web. 14 maart 2017

Image Courtesy:

1. "PCR met SYBR green" Door -Ygonaar 23: 09, 7 maart 2006 (UTC) - Het is een grafiek die door Ygonaar wordt gemaakt met Power Point, CC BY-SA 3. 0, // commons. wikimedia. org / w / index. php? curid = 619.528

2. "Taqman" Door gebruiker: Braindamaged - Eigen werk (Openbaar domein) via Commons Wikimedia