Verschil tussen siRNA en shRNA | shRNA vs siRNA

shRNA tegen siRNA

tijdens het proces van RNA interferentie (RNAi), wordt de expressie van een doelgenen afgebroken met hoge specificiteit en selectiviteit. RNAi is een natuurlijk proces, en het omvat kleine interfererende RNA (siRNA) en kort haarspeld RNA (shRNA) en bi-functioneel shRNA. Momenteel wordt RNAi veel gebruikt als hulpmiddel voor gepersonaliseerde kankertherapie. De toepassingen van RNAi worden in principe gedaan met de chemisch gesynthetiseerde dubbelstrengs siRNA en vector gebaseerde shRNA moleculen. Hoewel deze twee moleculen dezelfde functionele resultaten hebben, verschillen ze in hun structuur; Zo verschillen ook de moleculaire mechanismen van werking, de RNA-pathways en off-target-effecten van deze twee moleculen.

shRNA

shRNA is een sequentie van klein RNA-molecuul dat een strakke haarspelddraai maakt die gebruikt kan worden om een ​​doelgenuitdrukking tijdens RNAi te stilten. Expressie van shRNA wordt bereikt door een vector, die een virus of een bacterie kan zijn of door de afgifte van plasmiden. Ze worden gesynthetiseerd in de kern van cellen en vervoerd naar de cytoplasma voor verdere processen. Deze moleculen hebben soortgelijke rijpingswegen van miRNA; dus heeft de synthese van miRNA de basis gegeven voor het begrijpen van shRNA synthese. Ofwel kan RNA-polymerase II of III transcriptie van shRNA door middel van RNA-polymerase II of III promotors. Het voordeel van het gebruik van shRNA's is dat ze relatief laag tempo van degradatie en omzet hebben. Het nadeel is dat het een expressievector nodig heeft, die sommige veiligheidsproblemen kan veroorzaken.

siRNA

siRNAs zijn dubbelstrengs RNA moleculen samengesteld uit 20-25 basisparen in lengte. Deze worden gebruikt voor genonderdrukking door elk gen met een complementaire nucleotidesequentie in RNAi-weg te silderen. Gene knockdown door transfectie van siRNA is vaak mislukt door het transiënte effect; vooral in snel verdeelde cellen en de onderdrukking duurt niet langer. Om dit probleem te verhelpen, wordt het siRNA gewijzigd door een korte haarspeldstructuur in te voeren. Dit gemodificeerde molecuul dan bekend als shRNA. shRNA moet worden omgezet in siRNA door een Dicer om zijn normale functie te kunnen doorgaan.

Wat is het verschil tussen shRNA en siRNA?

• In tegenstelling tot de siRNA heeft shRNA een extra haarspeldstructuur. shRNA is een gewijzigde versie van siRNA.

• shRNA vereist een expressievector, terwijl siRNA niet.

• shRNA kan worden gebruikt voor langdurige knockdown, terwijl siRNA alleen kan worden gebruikt voor korte termijn knockdown van genen.

• In tegenstelling tot de genonderdrukking van siRNA, is de onderdrukking van shRNA langdurig, en als het via een geschikte virale vector ingevoegd wordt, kan het permanente gensluitende effecten veroorzaken.

• Dicer is verplicht om de shRNA terug te zetten naar het siRNA-molecuul om zijn normale functies uit te voeren.