Verschil tussen Microarray en RNA Sequencing | Microarray vs RNA Sequencing
Belangrijkste verschil - Microarray vs RNA Sequencing
Transcriptome vertegenwoordigt de gehele inhoud van RNA aanwezig in een cel, waaronder mRNA, rRNA, tRNA, gedegradeerde RNA en niet-gedegradeerde RNA. Profiling transcriptome is een belangrijk proces om de celinzichten te begrijpen. Er zijn verschillende geavanceerde methoden voor transcriptome profilering. Microarray en RNA sequencing zijn twee soorten technologieën ontwikkeld om transcriptome te analyseren. Het belangrijkste verschil tussen microarray en RNA sequencing is dat microarray is gebaseerd op het hybridisatiepotentieel van vooraf ontworpen labeled probes met target cDNA sequenties, terwijl RNA sequencing is gebaseerd op de directe sequencing van cDNA strengen door geavanceerde sequencing technieken zoals NGS. Microarray wordt uitgevoerd met de voorkennis over de sequenties en RNA sequencing wordt uitgevoerd zonder voorafgaande kennis van sequenties.
INHOUD
1. Overzicht en sleutelverschil
2. Wat is Microarray
3. Wat is RNA Sequencing
4. Side by Side Vergelijking - Microarray vs RNA Sequencing
5. Samenvatting
Wat is Microarray?
Microarray is een robuuste, betrouwbare en high-throughput methode die gebruikt wordt voor transcriptome profilering door wetenschappers. Het is de meest populaire aanpak voor transcriptieanalyse. Het is een goedkope methode, die afhankelijk is van de hybridisatieprobes.
De techniek begint met extractie van mRNA uit het monster en de constructie van cDNA-bibliotheek uit totaal RNA. Vervolgens wordt het gemengd met fluorescens gelabelde vooraf ontworpen probes op een stevig oppervlak (spotmatrix). Aanvullende sequenties hybridiseren met de gelabelde probes in het microarray. Vervolgens wordt microarray gewassen en gescreend, en wordt de afbeelding gekwantificeerd. Gathered data moet geanalyseerd worden om de relatieve expressie profielen te krijgen.
De intensiteit van de microarray probes wordt verondersteld te zijn evenredig met de hoeveelheid transcripten in het monster. De nauwkeurigheid van de techniek hangt echter af van de ontworpen probes, voorafgaande kennis van de sequentie en de affiniteit van probes voor hybridisatie. Daarom heeft microarray technologie beperkingen. Microarray techniek kan niet worden uitgevoerd met lage transcripties. Het onderscheidt zich niet van isoformen en identificeert genetische varianten. Aangezien deze methode afhankelijk is van hybridisatie van probes, zijn sommige problemen gerelateerd aan hybridisatie, zoals crosshybridisatie, niet-specifieke hybridisatie, enz.komt voor in microarray techniek.
Figuur 01: Microarray
Wat is RNA Sequencing?
RNA shotgun sequencing (RNA seq ) is een recent ontwikkelde gehele transcriptome sequencing techniek. Het is een snelle en high-throughput methode van transcriptome profilering. Het kwantificeert direct de expressie van genen en resulteert in diep onderzoek van het transcriptoom. RNA seq is niet afhankelijk van vooraf ontworpen probes of voorafgaande kennis van de sequenties. Daarom heeft RNA seq-methode hoge gevoeligheid en vermogen om nieuwe genen en genetische varianten te detecteren.
RNA sequencing methode wordt uitgevoerd via verschillende stappen. Totaal RNA van de cel moet geïsoleerd en gefragmenteerd zijn. Vervolgens moet met behulp van omgekeerde transcriptase een cDNA-bibliotheek worden bereid. Elke cDNA-streng moet geformuleerd worden met adapters. Dan moeten de geligeerde fragmenten worden geamplificeerd en gezuiverd. Ten slotte moet een sequentie van het cDNA worden uitgevoerd met behulp van een NGS-methode.
Figuur 02: RNA Sequencing
Wat is het verschil tussen Microarray en RNA sequencing?
- diff Artikel Midden voor Tabel ->
Microarray vs RNA Sequencing |
|
| Microarray is een robuuste, betrouwbare, hoge doorvoercapaciteit. | RNA sequencing is een nauwkeurige en high-throughput methode. |
| Kosten | |
| Dit is een goedkope methode. | Dit is een dure methode. |
| Analyse van een groot aantal monsters | |
| Dit maakt het mogelijk om tegelijkertijd een groot aantal monsters te analyseren. | Dit vergemakkelijkt het analyseren van een groot aantal monsters. |
| Gegevensanalyse | |
| Gegevensanalyse is complex. | Meer gegevens worden gegenereerd in deze methode; Vandaar dat het proces complexer is. |
| Voorkennis van sequenties | |
| Deze methode is gebaseerd op hybridisatieprobes, dus voorafgaande kennis van sequenties in vereiste. | Deze methode is niet afhankelijk van de voorafgaande sequentiekennis. |
| Structural Variations and Novel Genes | |
| Deze methode kan structurele variaties en nieuwe genen niet detecteren. | Deze methode kan structurele variaties detecteren, zoals genfusing, alternatieve splitsing en nieuwe genen. |
| Gevoeligheid | |
| Dit kan geen verschillen in expressie van isoformen detecteren, dus dit heeft een beperkte gevoeligheid. | Dit heeft een hoge gevoeligheid. |
| Uitkomst | |
| Dit kan alleen resulteren in relatieve expressieniveaus. Dit geeft geen absolute kwantificering van genuitdrukking. | Het geeft absolute en relatieve expressie niveaus. |
| Data Reanalysis | |
| Dit moet worden herhaald om opnieuw te analyseren. | Sequencinggegevens kunnen opnieuw worden geanalyseerd. |
| Behoefte aan specifiek personeel en infrastructuur | |
| Specifieke infrastructuur en personeel zijn niet vereist voor microarray. | Specifieke infrastructuur en personeel vereist door RNA sequencing. |
| Technische problemen | |
| Microarray techniek heeft technische problemen zoals cross-hybridisatie, niet-specifieke hybridisatie, beperkte detectie snelheid van individuele probes, enz. | RNA seq techniek voorkomt technische problemen zoals crosshybridisatie, niet-specifieke hybridisatie, beperkt detectiesnelheid van individuele probes, enz. |
| Biases | |
| Dit is een bevooroordeelde methode, omdat het afhankelijk is van hybridisatie. | Bias is laag in vergelijking met microarray. |
Samenvatting - Microarray vs RNA Sequencing
Microarray en RNA sequencing methoden zijn high-throughput platforms ontwikkeld voor transcriptome profilering. Beide methoden produceren resultaten die sterk gecorreleerd zijn met genexpressieprofielen. RNA sequencing heeft echter voordelen ten opzichte van microarray voor genexpressie analyse. RNA sequencing is een gevoeliger methode voor het detecteren van transcripten met lage overvloed dan microarray. RNA sequencing maakt ook de differentiatie tussen isoforms en identificatie van genvarianten mogelijk. Echter, microarray is de algemene keuze van de meeste onderzoekers, omdat RNA sequencing een nieuwe en dure techniek is met data-opslag uitdagingen en complexe data-analyse.
Referenties:
1. Wang, Zhong, Mark Gerstein en Michael Snyder. "RNA-Seq: een revolutionair hulpmiddel voor transcriptomics. "Natuurrecensies. Genetica. U. S. National Library of Medicine, Jan. 2009. Web. 14 maart 2017
2. Rogler, Charles E., Tatyana Tchaikovskaya, Raquel Norel, Aldo Massimi, Christopher Plescia, Eugeny Rubashevsky, Paul Siebert en Leslie E. Rogler. "RNA expressie microarrays (REMs), een high-throughput methode om verschillen in gen expression in diverse biologische monsters te meten. "Nucleïnezuren Onderzoek. Oxford University Press, 01 jan 2004. Web. 15 maart 2017
3. Zhao, Shanrong, Wai-Ping Fung-Leung, Anton Bittner, Karen Ngo en Xuejun Liu. "Vergelijking van RNA-Seq en Microarray bij transcriptome profiling van geactiveerde T cellen. "PLOOS EEN. Public Library of Science, januari 2014. Web. 15 maart 2017
Image Courtesy:
1. "Dagboek. pcbi. 1004393. g002 "Door Malachi Griffith, Jason R. Walker, Nicholas C. Spies, Benjamin J. Ainscough, Obi L. Griffith - (CC BY 2. 5) via Commons Wikimedia
2. "Microarray" door Bill Branson (Fotograaf) - National Cancer Institute (Public Domain) via Commons Wikimedia
