Verschil tussen Base Excision Repair en Nucleotide Excision Repair | BER vs vs NER

Belangrijkste verschil - Base Excision Repair vs Nucleotide Excision Repair

DNA wordt vaak onderworpen schade veroorzaakt door verschillende interne en externe factoren. Echter, cellulaire reparatiesystemen verbeteren de schade onmiddellijk en voortdurend voordat ze mutaties worden of voordat ze overgebracht worden naar de volgende generaties. Er zijn drie soorten excisie reparatiesystemen in de cellen: nucleotide excisie reparatie (NER), basis excisie reparatie (BER) en DNA mismatch repair (MMR) om enkelstrengs DNA schade te repareren. Het belangrijkste verschil tussen basis excisie reparatie en nucleotide excisie reparatie is dat basis excisie reparatie een eenvoudig reparatiesysteem is dat in de cellen werkt om eenmalige nucleotide schade te veroorzaken die endogeen veroorzaakt wordt, terwijl nucleotide excisie reparatie een complexe reparatie is systeem dat in de cellen werkt om relatief grotere, beschadigde gebieden te repareren die exogeen veroorzaakt zijn.

INHOUD

1. Overzicht en sleutelverschil

2. Wat is Base Excision Repair

3. Wat is Nucleotide Excision Repair

4. Vergelijking naast elkaar - Base Excision Repair versus Nucleotide Excision Repair

5. Samenvatting

Wat is Base Excision Repair?

Base excisie reparatie is de eenvoudigste versie van het DNA reparatiesysteem dat de cellen hebben. Het wordt gebruikt om kleine schade in DNA te repareren. DNA bases worden gemodificeerd door deaminering of alkylering. Als er basisschade optreedt, herkent het DNA-glycosylase en activeert het basis excisie reparatiesysteem en herstelt het met behulp van enzymen AP endonuclease, DNA polymerase en DNA ligase. De volgende stappen zijn betrokken bij BER-systeem.

Erkenning en verwijdering van een onjuiste of beschadigde basis door een DNA-glycosylase om een abasische plaats te creëren (plaatsen van basisverlies-apurrimineuze of apyrimidinische plaatsen).
Abasische site incisie door een apurine / apyrimidinische endonuclease
Verwijdering van het resterende suikerfragment door een lyase of fosfodiesterase
Gap vulling door een DNA polymerase
Afdichting van de nick door een DNA ligase

< ! --3 ->

Figuur 01: Basis excisie reparatiepad

Wat is Nucleotide Excision Repair?

Nucleotide Excision Repair (NER) is een belangrijk DNA excisie reparatie systeem in cellen. Het kan beschadigde gebieden repareren en vervangen tot 30 bases in lengte en het wordt geregisseerd door de onbeschadigde sjabloonstreng.Gemeenschappelijke DNA-schade komt voor als gevolg van ultraviolette straling en NER beschermt DNA door deze schade onmiddellijk te repareren voordat ze mutaties worden en in toekomstige generaties overgaan of ziekte veroorzaken. NER biedt specifiek bescherming tegen mutaties die indirect veroorzaakt worden door exogene factoren, zoals milieukundige en chemische carcinogene stoffen. NER wordt gezien in bijna alle organismen, en herkent schade die aanzienlijke vervorming in de DNA-helix veroorzaakt.

Het NER-proces omvat de werking van veel eiwitten zoals XPA, XPB, XPC, XPD, XPE, XPF, XPG, CSA, CSB, enz. En gaat door middel van verschillende snij- en pastaachtige mechanismen. Die eiwitten zijn essentieel voor de voltooiing van het reparatieproces, en een defect in een van de NER-eiwitten essentieel en kan zeldzame recessieve syndromen veroorzaken: xeroderma pigmentosum (XP), syndroom van Cockayne (CS) en het fotogevoelige vorm van brosse haaraandoening trichothiodystrofie (TTD).

Figuur 02: Nucleotide Excision Repair

Wat is het verschil tussen Base Excision Repair en Nucleotide Excision Repair?

- diff Artikel Midden vóór Tabel ->

Base Excision Repair vs Nucleotide Excision Repair
Base excisie reparatie (BER) is een DNA reparatie systeem voorkomt in cellen.	Nucleotide excision repair (NER) is een ander type DNA reparatiesysteem dat in cellen voorkomt.
Erkenning van DNA-adducten
BER herstelt schade aan kleine DNA-adducten.	NER reparatie grote DNA-adducten.
DNA-schade
BER herkent de schade die geen significante vervormingen voor de DNA-helix veroorzaakt.	NER herkent de schade die aanzienlijke vervormingen voor de DNA-helix veroorzaakt.
Oorzaken van DNA-schade
BER repareert de schade veroorzaakt door endogene mutagenen.	NER repareert de schade veroorzaakt door exogene mutagenen.
Complexiteit
BER is het minst complexe reparatiesysteem	Het is complexer dan BER.
Need for Proteins
BER heeft geen andere eiwitten nodig.	NER vereist meerdere genproducten, met name eiwitten, om beschadigde en onbeschadigde gebieden te onderscheiden.
Geschiktheid
BER is geschikt voor het corrigeren van enkele basisbeschadigingen.	NER is geschikt voor het vervangen van de beschadigde gebieden.

Samenvatting - Base Excision Repair vs Nucleotide Excision Repair

NER en BER zijn twee soorten DNA-excisie-reparatieprocessen die in cellen worden gevonden. BER kan kleine schade repareren die endogeen wordt veroorzaakt, terwijl NER in staat is om schadegebieden te repareren tot 30 basisparen lengte, die meestal door exogeen wordt veroorzaakt. BER verschilt van NER in het type ondergronds herkend en in het initiële splitsingsgebeurtenis. BER kan ook beschadigingen herkennen die niet veroorzaakt werden door significante vervormingen in de DNA-helix, terwijl NER significante vervormingen van de DNA-helix herkent. Dit is het verschil tussen basis excisie reparatie en nucleotide excisie.

Image Courtesy:

1. "Dna repair base excersion en" Door LadyofHats - (Public Domain) via Commons Wikimedia

2. "Een schematische weergave van modellen voor de nucleotide-excisie-herstelweg die door Uvr-eiwitten wordt beheerd." Door Rihito Morita, Shuhei Nakane, Atsuhiro Shimada, Masao Inoue, Hitoshi Iino, Taisuke Wakamatsu, Kenji Fukui, Noriko Nakagawa, Ryoji Masui en Seiki Kuramitsu - CC BY 1.0) via Commons Wikimedia

Referenties:

1. Kim, Yun-Jeong en David M. Wilson. Overzicht van Base Excision Repair Biochemistry. "Huidige moleculaire farmacologie. U. S. National Library of Medicine, Jan. 2012. Web. 14 maart 2017.

2. Boer, Jan De, en Jan H. J. Hoeijmakers. "Nucleotide excisie reparatie en menselijke syndromen. "Carcinogenese. Oxford University Press, 01 maart 2000. Web. 28 maart 2017

3. Hoogstraten et al. "Veelzijdige DNA schade detectie door het wereldwijde genoom nucleotide excisie reparatie eiwit XPC. "Journal of Cell Science. The Company of Biologists Ltd, 01 september 2008. Web. 28 maart 2017