Verschil tussen Blunt en Sticky End Ligation | Blunt vs Sticky End Ligation

Belangrijkste verschil - Blunt vs Sticky End Ligation

Restrictie-endonucleasen zijn specifieke enzymen die dubbelstrengs DNA (dsDNA) snijden. Ze staan ook bekend als moleculaire scharen in de moleculaire biologie. Beperkende enzymen kunnen specifieke korte sequenties van het dsDNA herkennen die bekend staat als herkenningsplaatsen en splijt fosfodiester en waterstofbindingen om dubbele strengen te openen. Als gevolg van splitsing door deze enzymen worden DNA-fragmenten geproduceerd met verschillende soorten uiteinden, zoals kleverige uiteinden en stompe uiteinden. DNA ligase is een enzym dat in Moleculaire biologie gebruikt wordt om twee aangrenzende strengen van DNA aan te sluiten door nieuwe bindingen te vormen. De stap staat bekend als ligatie en volgens het type van het DNA-einde geligeerde kunnen ze worden aangeduid als stompe eindligatie en kleverige endigatie. Het belangrijkste verschil tussen stompe en kleverige endigatie is dat stompe endigatie plaatsvindt tussen DNA-fragmenten die twee stompe uiteinden bevatten terwijl kleverige eindligatie tussen 5'- en 3'-overhangen optreedt. In vergelijking met stompe eindligatie is kleverige eindligatie efficiënter en stabieler.

INHOUD

1. Overzicht en sleutelverschil

2. Wat is Blunt End Ligation

3. Wat is Sticky End Ligation

4. Zij aan elkaar vergelijken - Blunt vs Sticky End Ligation

5. Samenvatting

Wat is een Blunt End Ligation?

Sommige restrictie-endonucleasen kunnen het DNA op de tegenovergestelde basen snijden en stompe DNA-fragmenten produceren. Deze enzymen staan bekend als blunt end cutters; Ze kloppen recht naar beneden aan het midden van de restrictieplaats zonder enkelvoudige overstromende basen te verlaten. Stompe uiteinden staan ook bekend als niet-overhangende uiteinden, aangezien zij geen 3'- en 5'-overhangende bases aan de uiteinden hebben. Beide strengen eindigen van basisparen in stompe uiteinden. Gewone stompe snij enzymen zijn EcoRV HaeIII, AluI en SmaI.

Blunt end ligatie is betrokken tussen twee stompe uiteinden. Het is geen ligatie van uitsteekende bases. Deze ligatie is minder efficiënt dan kleverige endigatie. Echter, in sommige gevallen wordt stompe endigatie meer voordelig dan kleverige endigatie, in het bijzonder bij ligeren van PCR-producten. PCR producten worden altijd met stompe einden geproduceerd. Blunt einde ligatie vereist geen complementaire einden in het DNA voor de ligatie.

Afbeelding 01: Blunt eindproductie door Eco RV enzym

Wat is een Sticky End Ligation?

Enkele restrictie-endonucleasen kunnen dsDNA snijden, waardoor het overhangende stuk enkelvoudig DNA op het einde wordt verlaten. Deze uiteinden staan bekend als kleverige of overhangende uiteinden. Kleverige eindligatie vindt plaats tussen twee DNA-fragmenten die bijpassende overhangen bevatten, omdat kleverige einden met ongepaarde basen bezitten en complementaire basen nodig hebben om bindingen te vormen. Derhalve is het nodig om hetzelfde restrictie-enzym voor beide bronnen van DNA te gebruiken om de bijbehorende ligatiefragmenten te produceren.

Sticky end ligatie is efficiënter en is vaak zeer gewenst bij kloningsprocessen. Er zijn verschillende restrictie enzymen die sticky ends produceren. Zij zijn EcoRI, BamHI, HindIII enz.

Figuur 02: Kleverige eindproductie door Eco RI-enzym

Wat is het verschil tussen Blunt en Sticky End Ligation?

- diff Artikel Midden voor tafel ->

Blunt vs Sticky End Ligation
Blunt end ligatie komt tussen twee stompe DNA-fragmenten voor.	Sticky end ligatie vindt plaats tussen twee bijpassende DNA fragmenten met kleverige uiteinden.
Enzymes
Blunt end cutters produceren stompe einden.	Sticky end cutters produceren sticky of cohesieve uiteinden.
Vereiste bijpassende uiteinden
Het vereist geen bijpassende fragmenten of aanvullende bases.	Het vereist aanvullende bases aan de uiteinden om basisparen te vormen.
Efficiëntie
Het is minder efficiënt dan kleverig eindligatie	Het is efficiënter dan stompe endigatie.

Samenvatting - Blunt vs Sticky End Ligation

Restrictie-endonucleasen kunnen dsDNA splitsen en DNA-fragmenten met verschillende uiteinden produceren. Ze herkennen specifieke sequenties en beperken DNA waardoor kleverige en stompe uiteinden ontstaan. Kleverige uiteinden hebben unpaired bases aan het einde van de fragmenten. Stompe uiteinden worden gecreëerd door een rechte splitsing en zij hebben basisparen aan de uiteinden. Kleverige eindligatie vereist twee complementaire enkelstrengs DNA-stukken. Blunt einde ligatie komt tussen twee stompe fragmenten voor. Dit is het verschil tussen stompe en kleverige ligatie.

Referenties:

1. Roberts, Richard J. "Hoe restrictie enzymen werden de werkpaarden van moleculaire biologie. "Verrichten van de Nationale Academie van Wetenschappen. National Acad Sciences, n. d. Web. 12 april 2017

2. Adnan, Amna. Gebruik van Beperkende Enzymen in Biotechnologie. N. p., n. d. Web. 12 april 2017

Image Courtesy:

1. "EcoRV Restriction Site. rsh "Door Ramin Herati - Gecreëerd met Inkscape (Public Domain) via Commons Wikimedia

2. "Restriction enzyme Eco RI" Door Tinastella - Eigen werk (Openbaar domein) via Commons Wikimedia