Verschil tussen AFLP en RFLP | AFLP vs RFLP

Sleutelverschil - AFLP vs RFLP

DNA-studies hebben een enorm belang in het begrijpen en bepalen van fylogenetische relaties, het diagnosticeren van genetische ziekten en de genoom van organismen. Verschillende technieken geassocieerd met DNA analyse worden ook gebruikt voor het identificeren van een bepaald gen of een DNA sequentie in een pool van onbekend DNA. Ze staan bekend als moleculaire markers. Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) en Beperkingsfragmentlengte Polymorfisme (RFLP) zijn twee dergelijke moleculaire markers (methoden) ontwikkeld in moleculaire biologie om genetische variatie tussen organismen te detecteren. Beide methoden zijn even belangrijk en hebben voor- en nadelen. Het belangrijkste verschil tussen AFLP en RFLP is dat AFLP selectieve PCR-amplificatie van het verteerde DNA omvat, terwijl RFLP geen selectieve PCR-amplificatie van de DNA-fragmenten omvat.

INHOUD

1. Overzicht en sleutelverschil

2. Wat is AFLP

3. Wat is RFLP

4. Vergelijking naast elkaar - AFLP vs RFLP

5. Samenvatting

Wat is AFLP?

AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) is een belangrijk instrument in de moleculaire biologie en wordt uitgebreid gebruikt in de analyse van genetische variaties. AFLP is gebaseerd op de specifieke PCR amplificatie van het gefragmenteerde genomische DNA en detectie van het polymorfisme door autoradiografen via gelelektroforese. AFLP draagt bij aan het identificeren van genetische verschillen in stammen of nauw verwante soorten van verschillende koninkrijken, waaronder planten, dieren, bacteriën en schimmels. AFLP kan worden uitgevoerd met kleine hoeveelheden onbekende DNA-monsters. Het vereist geen voorafgaande sequentiekennis en het ontwerpen van probes.

Stappen van AFLP

Isolatie van DNA
Spijsvertering van het DNA met restrictie-endonucleasen
Ligging van de beperkte DNA-fragmenten met adapters
Selectieve amplificatie van de fragmenten met specifieke restrictie sites
Afscheiding van de PCR-producten door gelelektroforese
Visualisatie van de gelmatrix door autoradiograaf

AFLP is een gevoeliger en reproduceerbare methode die kan worden gebruikt bij DNA-profilering van verschillende taxa waaronder schimmels, bacteriën, planten en dier zonder voorafgaande kennis van DNA sequenties. Het helpt bij het identificeren van kleine verschillen tussen individuen in populaties door de zeer gevoelige aard ervan. AFLP is ook belangrijk bij genoom mapping, forensische studies, ouderlijk onderzoek, genotypering, enz.

Figuur 01: AFLP

Wat is RFLP?

Beperkingsfragmentlengte Polymorfismen (RFLP's) zijn een techniek die wordt gebruikt om de genetische variaties in homologe DNA-sequenties te detecteren.Het is de eerste methode ontwikkeld voor DNA profilering. Organismen hebben unieke DNA-vingerafdrukken of DNA-profielen. RFLP dient als een belangrijk instrument om de variatie tussen DNA profielen van intraspecifieke of nauw verwante organismen te analyseren, aangezien homologe sequenties verschillende restrictieplaatsen (locaties) hebben die uniek zijn voor een bepaald organisme. Wanneer homologe DNA verteerd worden met specifieke restrictie-endonucleasen, zal het resulteren in verschillende DNA profielen die uniek zijn voor elk individu. Daarom is de opdrachtgever van deze methode de detectie van genetische variatie tussen organismen door homologe DNA te beperken met specifieke restrictie enzymen en analyse van fragment fragment lengte polymorfisme via gelelektroforese en blotting. Blotpatronen zijn uniek voor elk organisme en karakteriseren de specifieke genotypen.

Stappen van RFLP

Isolatie van voldoende hoeveelheid DNA uit monsters
Fragmentatie van de DNA-monsters met specifieke restrictie-endonucleasen in korte sequentie
Scheiding van de resulterende fragmenten met verschillende lengtes door agarosegel-elektroforese.
Overdracht van het gelprofiel in een membraan door Southern Blotting
Hybridisatie van het membraan met gelabelde probes en analyse van het fragmentlengte polymorfisme in elk profiel

RFLP is een zeer belangrijke techniek bij het detecteren van ziekte-erfenis en het vinden van de risico op het ontstaan van de ziekte bij familieleden. RFLP wordt ook vaak gebruikt in genoom mapping, het identificeren van criminelen in forensics, vaderschapstests, enz. RFLP heeft ook verschillende beperkingen. RFLP vereist voorkennis van sequentiedata om probes te ontwerpen voor hybridisatie. Het vereist ook isolatie van voldoende hoeveelheid DNA uit het monster om te analyseren, wat moeilijk is bij forensische studies.

Figuur 01: RRFLP mapping

Wat is het verschil tussen AFLP en RFLP?

- diff Artikel Midden voor Tabel ->

ALFP vs RFLP
AFLP omvat selectieve PCR amplificatie van het verteerde DNA.	RFLP houdt geen PCR in tenzij het PCR-RFLP is.
Sequence Knowledge
Kennis van eerdere sequenties is niet verplicht.	Voorafgaande kennis is vereist om RFLP probes te ontwerpen.
Betrouwbaarheid
Dit is betrouwbaarder.	Dit is minder betrouwbaar in vergelijking met AFLP.
Doeltreffendheid bij het detecteren van polymorfisme
Dit heeft een hogere efficiëntie bij het detecteren van polymorfisme dan RFLP.	Dit is minder efficiënt in vergelijking met AFLP.
Kosten
Dit is een beetje duur in vergelijking met RFLP.	Dit is minder duur dan AFLP.
Toepassingen
AFLP's zijn toegepast op genoom-mapping, DNA-vingerafdrukken, genetische diversiteitsstudies, vaderschapstesten en forensisch onderzoek.	RFLP-analyse is een belangrijk hulpmiddel bij genoom mapping, lokalisatie van genen voor genetische aandoeningen, bepaling van het risico voor ziekte en vaderschapstest.

Samenvatting - AFLP vs RFLP

AFLP en RFLP zijn twee technieken die worden gebruikt als genetische markers voor de evaluatie van diversiteit en beoordeling van de genetische relaties in moleculaire biologie.AFLP dient als een efficiënte en gevoelige methode voor het detecteren van genetische polymorfisme tussen organismen dan RFLP. Echter, hoewel beide deze methoden verschillende efficiënties hebben in het detecteren van genetische variaties, worden ze nog steeds gebruikt voor DNA-vingerafdrukken en ziekte-diagnose.

Referentie:

'1. Garcia, Antonio A. F., Luciana L. Benchimol, Antônia M. M. Barbosa, Isaias O. Geraldi, Souza Jr. Cláudio L. en Anete P. De Souza. "Vergelijking van RAPD-, RFLP-, AFLP- en SSR-markers voor diversiteitsstudies in tropische maïs-inbredde lijnen. "Genetica en Moleculaire Biologie. Sociedade Brasileira de Genética, 2004. Web. 19 maart 2017

2. "Beperkingsfragmentlengte Polymorfisme (RFLP). "Nationaal Centrum voor Biotechnologie Informatie. U. S. National Library of Medicine, n. d. Web. 19 maart 2017

3. Masiga D. K. en Turner C. M. (2004). "Amplified (restriction) fragment length polymorphism (AFLP) analyse". Methoden Mol Biol: 270: 173-86. NCBI. Web. 19 maart 2017

Image Courtesy:

1. "ALFP" Door Barbarossa op Nederlands Wikipedia - Overgebracht van nl. Wikipedia naar Commons. (Public Domain) via Commons Wikimedia

2. "RFLP mapping" Door Retama - Eigen werk (GFDL) via Commons Wikimedia